笠原 雅弘准教授
KASAHARA Masahiro
新領域創成科学研究科 生物情報科学科
| メールアドレス | mkasa@cb.k.u-tokyo.ac.jp |
|---|---|
| 電話番号 | 04-7136-4110 | 64110（内線） |
| 居室 | 柏 柏・総合研究棟351号室 |
| 外部リンク |
研究分野
大規模バイオ情報解析、バイオインフォマティクス、ゲノムアセンブリ
研究テーマ
(1)ゲノムアセンブリアルゴリズムの研究 (2)ゲノム情報処理向けの並列計算・パイプライン計算プラットホームの研究 (3)RNA sequencing の解析アルゴリズムの研究、など。
研究内容の概要
近年の技術改良によりＤＮＡ配列シークエンサーの出力スループットは急速に上昇し、費用あたりの塩基出力量はここ１０年間で約５桁以上となっている。このような観測技術の急速な進歩に伴って、DNA配列シークエンサーの出力を中心とした大容量の観測データを解析し、生物学的な知見に結びつけるための様々な情報処理技術の研究が急務となっている。そこで、100Mb程度以上の大きなゲノム配列を高速かつ安価に解読するためのゲノムアセンブリアルゴリズムの研究や、多型の同定やゲノムアセンブリ・連鎖解析などの種々のゲノム情報処理向け並列計算・パイプライン計算プラットホームの研究、RNA-sequencingを用いた遺伝子同定などの研究を行っている。
キーワード
ゲノムアセンブリ, 比較ゲノム, 並列分散計算, スケルトンプログラミング