浅井 潔教授
ASAI Kiyoshi
新領域創成科学研究科 生物情報科学科
| メールアドレス | asai@k.u-tokyo.ac.jp |
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| 電話番号 | 04-7136-3986 | 63986（内線） |
| 居室 | 新領域総合研究棟360号室 |
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研究分野
バイオインフォマティクス
ゲノム情報解析、比較ゲノム、RNA情報解析
研究テーマ
機能性RNAに特化した情報解析技術の研究
比較ゲノム解析のための情報変換モデルの構築と計算手法の開発
研究内容の概要
確率的な枠組みを中心とした数理的な理論とその応用によって、生命科学、特にゲノムに関連した生命現象の解明を目標に研究しています。 隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）、確率文脈自由文法（ＳＣＦＧ）などの確率文法、 サポートベクターマシン（ＳＶＭ）で有名になったカーネル法などを研究して活用するとともに、 新しい動的計画法（ＤＰ）のアルゴリズムを工夫したりしながら、 実用的なソフトウェアを開発することにも取り組んでいます。 単に生物学に役立つ計算機利用技術を開拓するのではなく、 情報学の立場から、生命現象をどのように理解し、モデル化し、抽象化するのかを重視しています。
機能性RNAに特化した情報解析技術の研究では、特にRNAの２次構造に着目した配列情報解析の理論とアルゴリズムを研究しています。RNA配列からの２ 次構造予測、２次構造を考慮したRNA配列の整列（構造アラインメント）、２次構造を考慮した配列検索、配列群からの共通２次構造の推定、類似配列の情報 を考慮した２次構造予測などで、この３年間に多くのアルゴリズムとソフトウェアを開発しました。
キーワード
配列情報解析、動的計画法、RNA２次構造
確率モデル、カーネル法
遺伝子発見、機能性RNA