ウガルテ ラ トレ ディエゴ レナト助教
UGARTE LA TORRE Diego Renato
理学系研究科 物理学専攻 物理学科
| メールアドレス | diego.ugarte@phys.s.u-tokyo.ac.jp |
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| 電話番号 | |
| 居室 | 理学部１号館、４１０号室 |
| 外部リンク |
研究分野
機械学習、計算物理学、分子動力学、高性能計算、GPUプログラミング、生物物理学、統計物理学
研究テーマ
機械学習を用いた複雑な生体分子システムのモデリング。 生体膜シミュレーションのための粗視化力場の開発と、高性能計算環境における分子動力学ソフトウェアの最適化。
研究内容の概要
私の研究は、機械学習と分子シミュレーションを組み合わせて複雑な生体分子システムを理解するための計算手法の開発に焦点を当てています。特に、グラフニューラルネットワークを用いたモデルにより、粗視化構造から原子分解能の情報を再構成する手法の研究を行っています。また、分子動力学ソフトウェア GENESIS の GPU 向け最適化や、新しい機械学習ベースの力場との統合にも取り組んでいます。さらに、生体膜を含む大規模システムのシミュレーションを可能にするための粗視化暗黙溶媒脂質力場 iSoLF の開発を進めています。
キーワード
機械学習、分子動力学、高性能計算、GPU計算、生体分子シミュレーション、統計物理学